De naam Spakenburg komt voor het eerst voor in de 15de eeuw. Het vissersdorp lag aan de Zuiderzee en heeft vele overstromingen moeten doorstaan. Om die reden bouwde men aanvankelijk de huizen hoog tegen de dijk. De havens van Spakenburg zijn onlosmakelijk verbonden met de ontwikkeling van het dorp. Hier lagen de botters waarmee de vissers hun brood verdienden. Het dorp telde rond 1892 ongeveer 200 vissersschepen. Door de groei van de vissersvloot moest in 1886 een tweede haven worden aangelegd, de Nieuwe Haven. Door de komst van de bruggen over de randmeren verloor de botterwerf haar klandizie. Ter compensatie is een derde jachthaven aangelegd, Jachthaven Nieuwboer.
Na de afsluiting van de Zuiderzee in 1932 en de inpoldering na de Tweede Wereldoorlog ging het met de vissersvloot bergafwaarts. Tegenwoordig zijn er nog 30 botters, die in de Oude Haven liggen. Vergeleken met vroeger is dit weinig, toch is dit ongeveer de helft van de huidige Nederlandse bottervloot. De botters worden alleen nog gebruikt voor de pleziervaart, want de oude vissersschepen werden ook door de vissers vervangen door moderne kotters. Van de visserij is weinig overgebleven, zomer 2008 is de laatste beroepsvisser van Spakenburg gestopt. Het dorp leeft nog steeds grotendeels van de vishandel of brood en koek.
Inmiddels ligt Spakenburg aan het Eemmeer, een van de randmeren onder Flevoland. De Oude Haven (rond 1200), het woord zegt het al, is de oudste. Hier ligt ook de oude botterhelling waar nog steeds varende monumentale boten worden gerestaureerd. De Oude Haven wordt daarom ook wel als museumhaven aangeduid. De tweede haven is de Nieuwe Haven (1886). De derde haven, Jachthaven Nieuwboer (jaren 70), ligt buiten het dorp.
Op de derde haven, Jachthaven Nieuwboer werd in de jaren 70 een diensthuis gerealiseerd voor de toenmalige havenmeester. Van een luxe jachthaven was geen sprake. Oude boten lagen op een stapel, het havenkantoor was een bouwkeet en sanitair was praktisch niet aanwezig. De kade was niet meer dan een zanderige dijk. Op de plek waar nu park Wijdland is gevestigd stonden toentertijd enkele caravannetjes.
In de loop der jaren veranderde veel en is het een genot om hier te verblijven. Momenteel is de jachthaven een luxe haven met goede sanitaire voorzieningen, is er een grote loods waar aan boten geklust kan worden en hebben de caravannetjes plek gemaakt voor een recreatiepark.
Het diensthuis van de toenmalige havenmeester is in een nieuw jasje gestoken. Het woonhuis is opgeknapt en waar ooit de schuur/garage gezeten heeft is Studio Havenzicht van bed & breakfast Vúr de Diek gerealiseerd met een magnifiek uitzicht over de jachthaven en het Eemmeer. In de twee donkere ruimtes die boven elkaar lagen werden kozijnen, een trap, muren, ramen, een dakkapel en deuren geplaatst. In de studio zijn ook een afgesloten badkamer met toilet en een kitchenette gerealiseerd.
